Intelligent Homo erectus?

[Boreas]

Dienekes är skeptisk till hybridisering.

Inte i fall du med 1 hybrid menar 1 underart, vilket i det här fallet kan kallas "etnicitet" eller "folkslag".

Nu är vi ju klar över att såväl Neanderthal som Denisova är underarter av samma ursprungsart som oss själva. Då är vi åter tillbaks till erectus-stadiet...

I am increasingly skeptical that Homo sapiens really "originated" in a limited geographical region within the global Homo range. Recent evidence has shown increased signs of older anatomical modernity around the world, and has rehabilitated 2/2 of the DNA-tested "archaic" hominins as relevant to the genetic diversity of modern humans. I would say that the focus on East Africa has been largely an artefact of the Great Rift Valley, rather than any strong evidence that modern humans really originated there.

http://dienekes.blogspot.com/2011/04/phylogeographic-analysis-of-y.html

[Boreas]

Archaeologists have long thought that Homo erectus, humanity's first ancestor to spread around the world, evolved in Africa before dispersing throughout Europe and Asia. But evidence of tool-making at the border of Europe and Asia is challenging that assumption.

http://www.nature.com/news/2011/110606/full/news.2011.350.html

[Boreas]

Reid Ferring, an anthropologist at the University of North Texas in Denton, and his colleagues excavated the Dmanisi site in the Caucasus Mountains of Georgia. They found stone artefacts — mostly flakes that were dropped as hominins knapped rocks to create tools for butchering animals — lying in sediments almost 1.85 million years old.

Until now, anthropologists have thought that H. erectus evolved between 1.78 million and 1.65 million years ago — after the Dmanisi tools would have been made.

http://www.nature.com/news/2011/110606/full/news.2011.350.html

[Boreas]

Korsning mellan 'moderna mänskor' och neanderthaler jämte denisovaner - en nödvändig adaption?

Breeding with Neanderthals helped humans go global

WHEN the first modern humans left Africa they were ill-equipped to cope with unfamiliar diseases. But by interbreeding with the local hominins, it seems they picked up genes that protected them and helped them eventually spread across the planet.

The publication of the Neanderthal genome last year offered proof that Homo sapiens bred with Neanderthals after leaving Africa. There is also evidence that suggests they enjoyed intimate relations with other hominins including the Denisovans, a species identified last year from a Siberian fossil.

...


One allele, HLA-C*0702, is common in modern Europeans and Asians but never seen in Africans; Parham found it in the Neanderthal genome, suggesting it made its way into H. sapiens of non-African descent through interbreeding. HLA-A*11 had a similar story: it is mostly found in Asians and never in Africans, and Parham found it in the Denisovan genome, again suggesting its source was interbreeding outside of Africa.

Parham points out that because Neanderthals and Denisovans had lived outside Africa for over 200,000 years by the time they encountered H. sapiens, their HLAs would have been well suited to local diseases, helping to protect migrating H. sapiens too.

While only 6 per cent of the non-African modern human genome comes from other hominins, the share of HLAs acquired during interbreeding is much higher. Half of European HLA-A alleles come from other hominins, says Parham, and that figure rises to 72 per cent for people in China, and over 90 per cent for those in Papua New Guinea.

This suggests they were increasingly selected for as H. sapiens moved east. That could be because humans migrating north would have faced fewer diseases than those heading towards the tropics of south-east Asia, says Chris Stringer of the Natural History Museum in London.

http://www.newscientist.com/article/mg21028174.000-breeding-with-neanderthals-helped-humans-go-global.html

[Boreas]

Dr. Labuda and his team almost a decade ago had identified a piece of DNA (called a haplotype) in the human X chromosome that seemed different and whose origins they questioned. When the Neanderthal genome was sequenced in 2010, they quickly compared 6000 chromosomes from all parts of the world to the Neanderthal haplotype. The Neanderthal sequence was present in peoples across all continents, except for sub-Saharan Africa, and including Australia.

"There is little doubt that this haplotype is present because of mating with our ancestors and Neanderthals. This is a very nice result, and further analysis may help determine more details," says Dr. Nick Patterson, of the Broad Institute of MIT and Harvard University, a major researcher in human ancestry who was not involved in this study.

"Dr. Labuda and his colleagues were the first to identify a genetic variation in non-Africans that was likely to have come from an archaic population. This was done entirely without the Neanderthal genome sequence, but in light of the Neanderthal sequence, it is now clear that they were absolutely right!" adds Dr. David Reich, a Harvard Medical School geneticist, one of the principal researchers in the Neanderthal genome project.

http://www.eurekalert.org/pub_releases/2011-07/uom-grc071411.php

[tty]

Jag tror inte resistens mot sjukdomar var särskilt viktigt så tidigt. De flesta av våra svåra epidemiska sjukdomar uppstod nog först när det fanns täta jordbrukande befolkningar (och dessutom ofta i Afrika, verkar det). Flera har vi ju f ö "ärvt" från våra husdjur som influensa (grisar) och smittkoppor (nötkreatur). Dessutom så visade sig ju indianer och aboriginer i hög grad sakna immunitet mot smittsamma sjukdomar när deras isolering bröts, medan afrikaner (som inte har några neandertal/denisova-gener) i allmänhet har bättre resistens mot smittsamma sjukdomar än andra populationer.
Därmed inte sagt att generna från andra hominider inte varit viktiga, vissa av dem som t ex microcephalin-D har nästan 100-procentig penetrans bland icke-afrikaner, vilket tyder på att den ger en signifikant selektiv fördel.

[Måns Sjöberg]

... microcephalin-D har nästan 100-procentig penetrans bland icke-afrikaner, vilket tyder på att den ger en signifikant selektiv fördel.

Vet vi att microcephalin-D har kommit in från en annan art?

[Boreas]

Vet vi att microcephalin-D har kommit in från en annan art?

Det går inte längre att påstå att arkaiska människor (homo) varit andra 'arter'. Efter att det fastslagits att gener från neander och denisovans finns i moderna människor får man kalla dom arkaiska människotyper som framkommit för 'underarter' (alternativt raser) av en gemensam 'proto-människa'.

När microchepalin-D inte förekommer i södra Afrika indikerar det att man här haft en egen gren som utvecklat sej i isolani från alla andra. Därmed blir det ju ännu svårare att fortsätta hävda att man just här hittar alla andras ursprung.

Vem som 'först' utvecklade microchepalin - och spridde det ikring till alla andra - är givetvis svårare att påstå. Men det borde väl gå att förfölja frågan med vidare genetiska analyser... 

[Boreas]

I söket på dom första uppresta, bi-pedalt gående människor har vi fått en ny minimumsålder.

“The Laetoli footprint trail is a snapshot of how early human ancestors used their feet 3.7 million years ago. By using a new technique for averaging footprints, foot pressure information from modern great apes, and computer simulation of walking in the proposed Laetoli printmaker, we can see that the evidence points to surprisingly modern foot function very early on in the human lineage.”

http://www.pasthorizonspr.com/index.php/archives/07/2011/ancient-footprints-show-human-like-walking-began-nearly-four-million-years-ago#ixzz1T7hanoGm

"The prints, say experts on hominid body structure, are strikingly different from those of a chimpanzee, and in fact are hardly distinguishable from those of modern humans."

http://www.pbs.org/wgbh/evolution/library/07/1/l_071_03.html

[tty]

Tyvärr är det här ett typiskt exempel på "science by press release".

Laetoli-fotspåren har varit kända sedan 1976 och det har varit känt lika länge att de är av pliocen ålder och ca 3,5 Ma (det är lätt att datera vulkanaska) och att de är visar på ett anmärkningsvärt modernt sätt att gå. Så här skrev Mary Leakey 1979 i Nature:

"it is immediately evident that the Pliocene hominids at Laetoli had achieved a fully upright, bipedal and free-striding gait"

Jag var förresten och tittade på fyndplatsen 1991, men tyvärr fick jag inte se själva fotspåren eftersom man återfyllt med jord för att bevara dem för framtiden. Nu har man tydligen grävt fram dem igen. Man får hoppas att de har återfyllt den här gången också.

[Boreas]

Det va' som.

På högan tid att man fått fram en entydig verifiering och fått igång förmedlingen...

[Boreas]

2 millioner års gamla gener - i moderna människor:

Evidence for Archaic Asian Ancestry on the Human X Chromosome

The human RRM2P4 pseudogene has a pattern of nucleotide polymorphism that is unlike any locus published to date. A gene tree constructed from a 2.4-kb fragment of the RRM2P4 locus sequenced in a sample of 41 worldwide humans clearly roots in East Asia and has a most-recent common ancestor approximately 2 Myr before present.

The presence of this basal lineage exclusively in Asia results in higher nucleotide diversity among non-Africans than among Africans. A global survey of a single-nucleotide polymorphism that is diagnostic for the basal, Asian lineage in 570 individuals shows that it occurs at frequencies up to 53% in south China, whereas only one of 177 surveyed Africans carries this archaic lineage.

We suggest that this ancient lineage is a remnant of introgressive hybridization between expanding anatomically modern humans emerging from Africa and archaic populations in Eurasia.

http://mbe.oxfordjournals.org/content/22/2/189.abstract

Moderna gen-analyser pekar på ett ur-gammalt, gemensamt ursprung av regionala populationer - som på senare 20.000 år har blivit "re-kombinerade". Modellen har länge kallats "multi-regional":

Linkage Disequilibrium: Humans Descend From a Structured Ancestral Population

Fossil evidence links human ancestry with populations that evolved from modern gracile morphology in Africa 130,000–160,000 years ago. Yet fossils alone do not provide clear answers to the question of whether the ancestors of all modern Homo sapiens comprised a single African population or an amalgamation of distinct archaic populations. DNA sequence data have consistently supported a single-origin model in which anatomically modern Africans expanded and completely replaced all other archaic hominin populations.

Aided by a novel experimental design, we present the first genetic evidence that statistically rejects the null hypothesis that our species descends from a single, historically panmictic population. In a global sample of 42 X chromosomes, two African individuals carry a lineage of noncoding 17.5-kb sequence that has survived for >1 million years without any clear traces of ongoing recombination with other lineages at this locus.

These patterns of deep haplotype divergence and long-range linkage disequilibrium are best explained by a prolonged period of ancestral population subdivision followed by relatively recent interbreeding. This inference supports human evolution models that incorporate admixture between divergent African branches of the genus Homo.

Divergent Haplotypes and Human History as Revealed in a Worldwide Survey of X-Linked DNA Sequence Variation

Taken together, these features of hX—that it is much older than other haplotypes and uncommon and patchily distributed throughout Africa, Europe, and Asia—present a cautionary tale for interpretations of human history.

http://mbe.oxfordjournals.org/content/24/3/687.abstract

[Boreas]

Urgammalt ursprung - muliti-regional utveckling - post-glacial re-mixing:

Detecting Ancient Admixture and Estimating Demographic Parameters in Multiple Human Populations

We analyze patterns of genetic variation in extant human polymorphism data from the National Institute of Environmental Health Sciences single nucleotide polymorphism project to estimate human demographic parameters. We update our previous work by considering a larger data set (more genes and more populations) and by explicitly estimating the amount of putative admixture between modern humans and archaic human groups (e.g., Neandertals, Homo erectus, and Homo floresiensis). We find evidence for this ancient admixture in European, East Asian, and West African samples, suggesting that admixture between diverged hominin groups may be a general feature of recent human evolution.

http://mbe.oxfordjournals.org/content/26/8/1823.abstract

[Boreas]

Vet vi att microcephalin-D har kommit in från en annan art?

1. Man får lämna den kategoriska indelningen av arkaiska människor (homo) som olika arter. Bevisen för korsning mellan europeiska, asiatiska och afrikanska hominider är nu etablerad. Det betyder att arkaiska människor, typ cro-magnon, neander, antecessor, denisovaner, pekingneser och florensis ALLA är underarter av ett gemensamt ursprung - typ 'homo erectus'. Dom arkaiska människotyper man har grävt fram är alla underarter ('grenar', 'raser') av en och samma art.

2. Hur microchepalin sen utvecklats i t.ex. en gren, som sen överförts till dom andra genom introgression (korsning) sen en fråga för sej. Man kan troligen knyta spridningen av microchepalin-D till en post-glacial spridning av den underart som - av en eller annan orsak - utvecklat den specifika microchepalin-D. Spridningen kan tydligen knytas till den post-glaciala tiden - och framväxten av den/dom människotyp/er vi kallar 'moderna'.

Evidence that the adaptive allele of the brain size gene microcephalin introgressed into Homo sapiens from an archaic Homo lineage

Abstract

At the center of the debate on the emergence of modern humans and their spread throughout the globe is the question of whether archaic Homo lineages contributed to the modern human gene pool, and more importantly, whether such contributions impacted the evolutionary adaptation of our species. A major obstacle to answering this question is that low levels of admixture with archaic lineages are not expected to leave extensive traces in the modern human gene pool because of genetic drift. Loci that have undergone strong positive selection, however, offer a unique opportunity to identify low-level admixture with archaic lineages, provided that the introgressed archaic allele has risen to high frequency under positive selection. The gene microcephalin (MCPH1) regulates brain size during development and has experienced positive selection in the lineage leading to Homo sapiens.

Within modern humans, a group of closely related haplotypes at this locus, known as haplogroup D, rose from a single copy ≈37,000 years ago and swept to exceptionally high frequency (≈70% worldwide today). Here, we examine the origin of haplogroup D. By using the interhaplogroup divergence test, we show that haplogroup D likely originated from a lineage separated from modern humans ≈1.1 million years ago and introgressed into humans by ≈37,000 years ago.

This finding supports the possibility of admixture between modern humans and archaic Homo populations (Neanderthals being one possibility). Furthermore, it buttresses the important notion that, through such adminture, our species has benefited evolutionarily by gaining new advantageous alleles. The interhaplogroup divergence test developed here may be broadly applicable to the detection of introgression at other loci in the human genome or in genomes of other species.

http://www.pnas.org/content/103/48/18178.abstract

[Måns Sjöberg]

En art eller flera - det beror på vilket artbegrepp man väljer och är väl en definitionsfråga. Men hur som helst verkar det klarlagt att Homoträdets olika grenar har bytt genetiskt material med varandra och microcephalin-D ska alltså ha kommit in i sapiens utifrån. Det jag undrar över är om forskarna är ense om det. Jag får intrycket att de är det.

[Boreas]

En art eller flera - det beror på vilket artbegrepp man väljer och är väl en definitionsfråga. Men hur som helst verkar det klarlagt att Homoträdets olika grenar har bytt genetiskt material med varandra och microcephalin-D ska alltså ha kommit in i sapiens utifrån. Det jag undrar över är om forskarna är ense om det. Jag får intrycket att de är det.

"Utifrån" betyder givetvis "inte från Afrika", eftersom Afrikanerna saknar micro-D. I en multi-regional modell - med ett antal samtida underarter under paletoitisk tid - blir saken ganska annorlunda. Då kan man leta i en gren av dom 'arkaiska människor' som föregår postglacial tid.

Hursomhelst är det nödvändigt att söka efter microchepalinets ursprung bland en specifik gren av homo, eftersom det inte finns hos apor. Frågan är inte från vilken 'art' genet kommit, men  ur vilken underart det spridits - efter att istiden försvann och dom arkaiska människor kunde resa på kors och tvärs av kontinenten. Enligt dom fakta vi nu fått om utveckling av hjärnvolym kan det värka plausibelt att söka bland dom grenar av människosläktet som i glacial tid levde under polara förhållanden, där man fick utveckla känsligare sansar, större ögon och dito skallar.

Ytterligare indikationer på multi-regional utveckling:

Testing for Archaic Hominin Admixture on the X Chromosome:

We define a new summary statistic called the minimum clade proportion (pmc), which quantifies the proportion of individuals from a specified geographic region in each of the two basal clades of a binary gene tree, and then employ coalescent simulations to assess the likelihood of the observed central RRM2P4 genealogy under two alternative views of human evolutionary history: recent African replacement (RAR) and archaic admixture (AA).

A molecular-clock-based TMRCA estimate of 2.33 million years is a statistical outlier under the RAR model; however, the large variance associated with this estimate makes it difficult to distinguish the predictions of the human origins models tested here.

The pmc summary statistic, which has improved power with larger samples of chromosomes, yields values that are significantly unlikely under the RAR model and fit expectations better under a range of archaic admixture scenarios.

http://www.genetics.org/content/178/1/427.abstract

Evidence for Archaic Asian Ancestry on the Human X Chromosome

The human RRM2P4 pseudogene has a pattern of nucleotide polymorphism that is unlike any locus published to date. A gene tree constructed from a 2.4-kb fragment of the RRM2P4 locus sequenced in a sample of 41 worldwide humans clearly roots in East Asia and has a most-recent common ancestor approximately 2 Myr before present. The presence of this basal lineage exclusively in Asia results in higher nucleotide diversity among non-Africans than among Africans.

A global survey of a single-nucleotide polymorphism that is diagnostic for the basal, Asian lineage in 570 individuals shows that it occurs at frequencies up to 53% in south China, whereas only one of 177 surveyed Africans carries this archaic lineage.


http://mbe.oxfordjournals.org/content/22/2/189.abstract

[vemvet]

Från vetenskapsradion:

"Neandertalarna försvann för att vi var många fler"

http://sverigesradio.se/sida/gruppsida.aspx?programid=406&grupp=12718&artikel=4621801

[Boreas]

Kul program!

Programmet bygger på JP Mellars undersökning, som beskriver situationen i Nord-Europa under sen-Weichsel, när det kyligare klimatet drev neanderthalerna söderut. Dom klimatiska variationerna gynnade alltså dom arktiskt anpassade Cro-Magnon-människorna som levde norr om neanderthalerna - från Norrsjön till Altai-bergen - redan för 40.000 år sen.

Sen får man ju vara medveten om att man under dom hårdaste köldperioderna - under LGM och Dryas - knappt fanns några människor alls kvar i Eurasien, norr om Pyreneerna, Alperna och Kaukasus. När istiden går mot slutet är alltså neanderna borta från det norra Eurasien.

Lyckligtvis hade en liten grupp 'cro-magnon' klarat livhanken och överlevt istidens kylvågor - i ett s.k. refugia, någonstans norr om Alperna.  Det är från denna lilla grupp att den norra kontinenten åter befolkas, av dom människor som numer kallas 'kaukasier'. 

Men då hade redan dom senaste spår av neanderthalerna försvunnit, åtminstone norr om Medelhavet. Dom senaste spår efter neanderthal-grupper tycks vara södra Spanien och södra Balkan, från tiden innan LGM. När inblandningen mellan neander och dagens kaukasier skedde vet vi ännu inte. Sannolikheten är störst för att interaktionen skedde innan LGM, men det finns (fortfarande) en möjlighet för att den andel neandergener vi bär på härstammar från mindre grupper neanderthaler som överlevt ikring Medelhavet ända fram till mesolitisk tid.

Sen får man vara lite aktsam med att teorin om att dom "moderna människorna" - alltså Cro-Magnon-kulturen - kommit från det tropiska Afrika, "för 40.000 år sen". Det stämmer dåligt med att dom haft möjlighet att uthärda den kyla som dom semi-tropiska neanderthalerna - syd-Europas gamla befolkning sen 300.000 år - fick fly ifrån.

Anpassningen från ett tropiskt Afrika till Europas högarktiska klimat går absolut inte för sej på ett par generationer. Dessutom visar spåren efter Cro-Magnon-kulturen - kaukasiernas färglösa, arktiska förfäder - att dom bodde norr om dom semi-tropiska neanderthalerna, ända upp till polarcirkeln - redan för 42.000 år sen...   

http://www3.hi.is/~oi/AG-326%202006%20readings/Russian%20Arctic/Svendsen_MAMMOTH2003.pdf

[sockerfri]

En art eller flera - det beror på vilket artbegrepp man väljer och är väl en definitionsfråga. Men hur som helst verkar det klarlagt att Homoträdets olika grenar har bytt genetiskt material med varandra och microcephalin-D ska alltså ha kommit in i sapiens utifrån. Det jag undrar över är om forskarna är ense om det. Jag får intrycket att de är det.

Om microcephalin-D kom utifrån verkar den inte ha kommit från neandertalare.

http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0010648

[Måns Sjöberg]

Om microcephalin-D kom utifrån verkar den inte ha kommit från neandertalare.

I alla fall inte den neandertalaren. Det kanske fanns de med och de utan microcephalin-D.