1000-talet i Gamla Uppsala är dåligt känt. Domkyrkan gör ju att platsen rent arkeologiskt är väldigt fragmentariskt bevarad. Under domkyrkan har man dock påträffat resterna efter ett antal byggnader, men det går med dagens källäge inte att säga vilka som var kyrkor och vilka som var andra sorters byggnader, eller när de uppfördes.
Mälardalens kristnande är ju utan tvekan dåligt förstått - det borde funnits en kristen kyrka i Sigtuna när staden grundades på 970-talet, alltså 100 år innan Adam av Bremen skrev sin beskrivning av hednatemplet i Gamla Uppsala. Otaliga runstenar vittnar om ett en betydlig del av befolkningen var kristna, eller åtminstone hade anammat kristen ikonografi och ideologi under 1000-talet. Jag skulle tro att ett antal kyrkor i Mälardalen, kanske framför allt i området runt Sigtuna, har rötter i åtminstone 1000-talet, antingen i form av tidigare träkyrkor (ett par finns belagda arkeologiskt, tex under Häverö kyrka i Roslagen) eller i rester av tidiga stenkyrkor som inte ännu identifierats som så tidiga (se tex hur många kyrkor i Östergötland som fått flyttas tillbaka i tiden i och med att man utfört dendrokronologiska dateringar på dem).
Kan Gamla Uppsala bestått som ett "hedniskt" centrum ett betydande tag efter att tex kungamakten hade gått över till kristendomen? Visst, det är nog möjligt. Man måste nog tänka sig att Mälardalens befolkning hade en väldigt varierande religiös tillhörighet under andra halvan av 900-talet och under 1000-talet, och om det fanns en nominell kungamakt i region var den nog tvungen att förhålla sig till det faktum att alla inte var kristna. Det finns inga arkeologiska tecken på storskaliga religiösa motsättningar under perioden, så tanken att man levde relativt fredligt med varandra, och att tex kungaskapet valde att bejaka båda grupperna, tex genom att ha kyrka i Sigtuna och tempel i Gamla Uppsala, är nog inte omöjlig. Liknande förhållanden finns det historiska exempel på, tex i Romarriket under 300-talet, då flera kejsare invigde hedniska tempel samtidigt som de var kristna.
Att det inte fanns någon biskopskyrka i Gamla Uppsala förrens ett stift inrättades där är ju inte konstigt. På 1060-talet fanns det dock ett stift i Sigtuna, och en stenkyrka byggdes där på 1000-talet.
Själv så har jag svårt att tro att det inte fanns någon kyrka i Gamla Uppsala innan domkyrkan började byggas. Hur övergången mellan hedendom och kristendom på platsen såg ut, och när den skedde, vågar jag dock inte ens gissa.