Författare Ämne: Arkeogenetik och Europas förhistoria  (läst 5256 gånger)

Utloggad sockerfri

  • Stammis
  • Antal inlägg: 452
Arkeogenetik och Europas förhistoria
« skrivet: februari 23, 2010, 05:55 »
Current Biology har publicerat en ny artikel som är ett samarbete mellan tre biologer, en arkeolog, en statistiker och en matematiker och behandlar Europas förhistoria ur ett arkeogenetiskt perspektiv.

Jag har inte hunnit läsa den än men den finns öppen att läsa för den som är intresserad:
The Archaeogenetics of Europe

Slutsats:

Citera
Although archaeogenetics has hitherto been graced with few well-defined methodologies, it has been used to test hypotheses and draw inferences in a number of ways. At the more formal extreme, hypothesis-testing procedures based on evolutionary and population-genetics theory suffer from the well-known chasm between the rejection of a null hypothesis and the inference of specific demographic scenarios [128]. We would argue rather for a transdisciplinary approach in which hypotheses are evaluated within the framework of models supplied by archaeology, palaeoanthropology and palaeoclimatology [129]. Founder analysis [44] is an attempt to formalise such an approach to identifying colonisation events.

Although it may seem that the contribution of archaeogenetics to understanding European prehistory has so far been rather small, it has probably led the way to a major reappraisal of the longer-term processes. Archaeogenetics led, for example, to the proposal of a single southern coastal route for the anatomically modern human settlement of Eurasia, and first indicated the major role of the LGM in shaping the demographic history of Europe and therefore the critical role of climate change in European demographic history. Furthermore, in the last ten years or so, archaeogenetics has been applied to many problems at the regional scale. Although the achievements may often have been exaggerated, issues such as the origin of the Etruscans [93], the Viking settlements in the British Isles [67,130], the Jewish Diaspora [131,132], the Arab slave trade [133] and the trans-Atlantic slave trade [134,135] have all been tackled. We hope that more finely-grained studies will be possible in the future, especially as more of the Y chromosome becomes routinely analysed, and once haplotype blocks of the autosomal genome become amenable to phylogeographic analysis. But to date it is probably the deeper processes of the longue durée that have been illuminated most clearly by the new approach.

Utloggad Návdi

  • Veteran
  • Antal inlägg: 587
SV: Arkeogenetik och Europas förhistoria
« Svar #1 skrivet: februari 24, 2010, 20:11 »
Bures "sockerfri" !

Mycket intressant. Många hänvisningar.
Tack för den !  :)

MVH
Návdi
Návdi

Utloggad sockerfri

  • Stammis
  • Antal inlägg: 452
SV: Arkeogenetik och Europas förhistoria
« Svar #2 skrivet: februari 24, 2010, 20:22 »
Jag har gått igenom den, och den verkar vara utdaterad (t.o.m innan publicering).

De argumenterar att mtDNA och Y-kromosomer har gjort Renfrews hypotes om en folkvandring från Mindre Asien in till Europa som tveksam (framförd i Renfrew 1987 Archaeology and Language som även behandlar indoeuropeiska språk och indoeuropeisk förhistoria) och verkar peka på stöd för stäpphypotesen framförd av Gimbutas (senare modifierad av Mallory och Anthony kan vara värt att påpeka), för att senare i pappret varna om att sammansmälta språk med genetik!

Här är en kommentar om arkeogenetik från Renfrew, publicerad samtidigt som denna. Likaså är denna gratis att läsa:
Archaeogenetics — Towards a ‘New Synthesis’?

//Fixade länken /Johan - Admin
« Senast ändrad: februari 25, 2010, 07:35 av Gorm »

Utloggad Návdi

  • Veteran
  • Antal inlägg: 587
SV: Arkeogenetik och Europas förhistoria
« Svar #3 skrivet: februari 24, 2010, 20:36 »

Länken fungerar inte.... ???
Návdi

Utloggad sockerfri

  • Stammis
  • Antal inlägg: 452

Utloggad Yngwe

  • Gode
  • Antal inlägg: 5 702
SV: Arkeogenetik och Europas förhistoria
« Svar #5 skrivet: mars 07, 2010, 18:31 »
med anledning av inlägg om samers och andras gener....

Jag är mycket tveksam till om man ska ha för stor tilltro till våra kunskaper om genetik i dessa frågor. Visst är det intressant men vi är ännu relativt okunniga, och vi har framförallt ett litet och osäkert underlag att arbeta med.   

Jag undrar tillexempel hur man ska tolka att samer har denna q-allel som visar att de inte blandats med andra, samtidigt som de då levt i ett mycket begränsat israndsområde med levnadsutrymme för ytterst få individer, kanske på sin höjd ett fåtal tusen individer. Under flera tusen år borde detta ha satt sina spår i form av inavel, och samer är inte mer inavlade än andra.


Vidare undrar jag hur man egentligen säkerställer det genetiska underlagets tillförlitlighet. Vare sig man undersöker gotlänningar, samer eller andra borde det finnas avsevärd risk att dennes gener inte alls är genuint och typiskt gotländska eller samiska eller vad det månne vara utan istället starkt påverkade av kringresande västgötar, sommar-stockholmare, danska knektar osv. osv. för att inte tala om folks egna migrationer.

Jag tror visst genetiken är ett bra redskap men den är inget mirakelmedel som löser alla gåtor...
" Det finns mitt i skogen en oväntad glänta, som bara kan hittas av den som gått vilse"

Utloggad sockerfri

  • Stammis
  • Antal inlägg: 452
SV: Arkeogenetik och Europas förhistoria
« Svar #6 skrivet: mars 07, 2010, 19:10 »
Visst är det intressant men vi är ännu relativt okunniga

Tvärtom, vi är väldigt kunniga inom fältet. För att knyta till arkeologi har vi idag kunskap och metod för att inte bara utvinna DNA från över 20 000 år gamla ben (Svante Pääbo i all ära som lyckats med neandertalare t.o.m), vi har metoder för att kunna eliminera kontaminationsrisker avsevärt.

Det största problemet är såklart att man talar olika "språk", arkeologer och biologer behöver samarbeta bättre för att få konsekventa slutsatser. Eftersom jag själv läst arkeologi och (evolutions)biologi ser jag två olika språk framför mig när jag ska försöka konstruera ett nytt som ska bli just "arkeogenetiskt" och kunna tillfredställa båda sidorna.

Citera
och vi har framförallt ett litet och osäkert underlag att arbeta med. 
 

Vi saknar en hel del forntida data, men ny teknik gör det möjligt. I nuläget har vi hundratals testade individer som har ett tidsrum mellan 500 och 30 000 år, och med tanke på att tyskarna är på gång med att stortesta hundratals trattbägarindivider kan vi nog förhoppningsvis få en hel del innan 2010 är slut.

Gällande det moderna underlaget så ligger amatörgenetiker/hobbygenetiker (bland dessa kan nämnas Ken Nordvedt, tidigare fysiker på NASA) flera år före de stora populationsgenetikerna som sitter i sina stora häftiga labb med acceptabla lönecheckar varje månad. Ett "litet och osäkert underlag" måste i sådant fall hänvisa till de otroligt långsamma universitetsforskarna, och inte de privatpersoner som har startat dussintals projekt och hanterar tusentals individers medverkan i dessa.

Utloggad Yngwe

  • Gode
  • Antal inlägg: 5 702
SV: Arkeogenetik och Europas förhistoria
« Svar #7 skrivet: mars 07, 2010, 20:30 »
självklart kan vi mycket, vad jag menade var att det är ett nytt ämne och oerhört mycket vi inte förstått ännu!


Med ett litet underlag menar jag antalet tillgängliga prov i relation till både dagens totala antal individer och forntidens totala antal individer. Hundratals eller tillochmed tusentals prov från trattbägarindivider är trots allt bara en del av den tidens population, vi vet inte ens hur representativ den är och alltså  inte hur vi ska vikta informationen.


Med osäkert underlag menar jag främst att bara i några få fall kan vi säkerställa att en population är genuin. I regel måste vi räkna med att det genetiska arvet har många olika rötter. Om man jämför t.ex. dagens gotlänningar med forntidens, hur säkerställer du att dagens gottlänning är en gotlänning i genetiskt avseende? En hundraprocentig sådan hittar du knappast så hur bedömmer man hur ren-genetisk denna bör vara, och framförallt hur säkerställer man en sådan individ?  Amatörforskare håller också jag högt men här har dom en mycket stor nöt att knäcka, speciellt som man skall säkerställa kanske hundratals generationers genetiska kontinuitet.   

Man får alltså jobba med sannolikheter vilket säkert kan ge mycket information och kunskap men det är ändå inget som man bör lita blint på.
" Det finns mitt i skogen en oväntad glänta, som bara kan hittas av den som gått vilse"

Utloggad sockerfri

  • Stammis
  • Antal inlägg: 452
SV: Arkeogenetik och Europas förhistoria
« Svar #8 skrivet: mars 07, 2010, 21:07 »
Med ett litet underlag menar jag antalet tillgängliga prov i relation till både dagens totala antal individer och forntidens totala antal individer.


Det problem jag ser är mer mot att man gör misstaget av att tro att såsom distributionen ser ut idag, så har det alltid sett ut. Om gen X har 30% frekvens idag bland svenskar, betyder det inte att gen X hade 30% - eller ens fanns - i Sverige under järnåldern. Man kan göra försök till att knuta visa gener/markörer till olika arkeologiska företeelser, men man kan inte utifrån dagens data (mer än att göra dateringsberäkningar) säga hur demografin såg ut förr. Det finns också en omedveten tendens inom den arkeogenetiska litteraturen att försöka få in ett så gammalt datum som möjligt, trots att det är så att ju senare folkvandring i tiden, desto mer kan vi se av den.

Citera
Hundratals eller tillochmed tusentals prov från trattbägarindivider är trots allt bara en del av den tidens population, vi vet inte ens hur representativ den är och alltså  inte hur vi ska vikta informationen.

Därför tar man prover från flera områden, och från flera tidsrum. Man kan klara sig bra på ett par hundra resultat bara, de kan ses som represantiva. Jag själv sammanställde datan från fyra oberoende källor (både från vetenskaplig litteratur och internetprojekt) angående dagens svenskar, och felmarginalen var inom en 1-5% källorna sinsemellan - för alla markörer -, trots de olika geografiska områderna i Sverige som datan hämtats ifrån. Det är inte antalet prover som är det egentliga problemet (även om man såklart kan ha för få), det är kontinuitet och geografi. Detta såg vi inte minst i Malmströmstudien där de begränsat sig till gropkeramiker från Gotland och trattbägare från Västergötland och gjorde en spännande fantasifylld tolkning av avsaknad av kontinuitet mellan trattbägare och gropkeramiker (visst kan det vara så, men deras data och tolkning är vida underlägsen t.ex. den vi kan se för bandkeramiska kulturen).

Citera
I regel måste vi räkna med att det genetiska arvet har många olika rötter.

Givetvis, och det syns gott och väl. För Sveriges del finns det t.ex. spår av den finska "invandringen" på flera genetiska plan. Den är liten (vilket är att förvänta sig då finnarna alltid varit i minoritet i Sverige) men den finns där. Jag tycker själv att universitetsforskarna bör släppa sin syn på "genetisk renlighet" och hänga med lite, det är lite pinsamt att ett gäng forumsskribenter (måhända att flera av dem har läst biologi på högre nivå) intresserade av genetisk geneaologi kan utmanövrera och ligga flera år före några av världens toppuniversitets forskare.

Citera
Man får alltså jobba med sannolikheter vilket säkert kan ge mycket information och kunskap men det är ändå inget som man bör lita blint på.

Givetvis ska man inte lita blint på det hela, då blir det religion och inte vetenskap.

Utloggad Yngwe

  • Gode
  • Antal inlägg: 5 702
SV: Arkeogenetik och Europas förhistoria
« Svar #9 skrivet: mars 07, 2010, 23:22 »
intressant sockerfri, och eftersom jag bara har några veckors utbildning i genetik i samband med biologistudier, och eftersom det är ett antal år sen, så säger jag inte emot, men då du skriver...
 
Citera
För Sveriges del finns det t.ex. spår av den finska "invandringen" på flera genetiska plan. Den är liten (vilket är att förvänta sig då finnarna alltid varit i minoritet i Sverige) men den finns där.
...  måste jag få fråga lite mer om denna finska gen.

Med finsk menar du då från det område vi idag kallar Finland, eller från en större finsk-ugriskt population?

Finns denna gen hos alla finnar som omfattas av ovan kriterie?

Är det bara hos dessa finnar och deras avkomma som genen finns? Alltså har mutationen uppstått unikt inom denna population?

Är genen alltså vanligare i de områden där den finska invandringen varit stor?

Finns det en motsvarande skandinavisk gen som kan spåras hos finnar?

För övrigt håller jag med dig om att det är pinsamt...
" Det finns mitt i skogen en oväntad glänta, som bara kan hittas av den som gått vilse"

Utloggad sockerfri

  • Stammis
  • Antal inlägg: 452
SV: Arkeogenetik och Europas förhistoria
« Svar #10 skrivet: mars 08, 2010, 07:55 »
Med finsk menar du då från det område vi idag kallar Finland, eller från en större finsk-ugriskt population?

Nu blir det lite jobbig text.  :)

Man får se det ur en tvåvägssituation. Finland befolkades under järnåldern/tidig medeltid från tre områden, en från väst (genom Sverige), från öst (finnugriska folk) och syd (från Baltikum, av tidiga finnfolk). Under medeltiden växte den finska befolkningen explosionsartat och medförde en grundareffekt och genetisk drift (vilket gör att finnarna får en uppsättning "finska gener" som gör att de skiljer sig från grundarpopulationerna mer och mer). Under samhörighetstiden - då Finland och Sverige var ett rike - förekom det livlig "invandring" från Finland (både väst och öst) till Sverige, det sägs att under 1600-talet så fanns det lika många finnar som svenskar i Stockholm (enligt boken "finnarnas historia i Sverige, del 1" av Laino). Assmiliation och ingifte har gjort att idag är deras ättlingar etniska svenskar och det är inte ovanligt för en svensk att hitta åtminstone en finsk förfader i sitt släktträd. Genetiskt sett visas detta genom en viss markör som har ett visst värde på en mutationsposition som är väldigt vanlig i Finland och som verkar ha uppstått i Finland. Dessutom visade en större genomstudie av nordeuropéer (McEvoy 2009) intressanta diagram där jag gjorde en personlig tolkning att en viss genotyp som var - såsom jag uttryckte det då - "shitloaded" i Finland, och visade mindre frekvens i Sverige och (än mindre) i Danmark, medan den var till större del otroligt sällsynt i de andra testpopulationerna (holländare, brittiska öarna, australiensare). Min tolkning var att det troligen rör sig om kvarleva från de finska "invandrarna".

Citera
Finns denna gen hos alla finnar som omfattas av ovan kriterie?

Den första - markören - är en haplogrupp och återfinns ungefär hos 40% av etniska finnar. Den andra är genotyper på ett större plan, och där har varenda finne väldigt mycket av det, men i olika grad. Men det handlar om hur man bryter ned datan, bryter man ned på vissa sätt syns detta bättre än på andra sätt. Det finns många sätt man kan leka med datan beroende på datorprogram man använder.

Citera
Är det bara hos dessa finnar och deras avkomma som genen finns? Alltså har mutationen uppstått unikt inom denna population?

Jag vet inte om den uppstått bland finnar eller om den fanns bland någon av de tidiga populationerna som finnar stammar ifrån, men min gissning är att den uppstod i takt med den genetiska drift som uppstod när en liten befolkning blandades mycket inom varandra och växte explosionsartat (Lainos bok nämner att finnarna var kända bland svenskar att skaffa riktigt många barn).

Utloggad sockerfri

  • Stammis
  • Antal inlägg: 452
SV: Arkeogenetik och Europas förhistoria
« Svar #11 skrivet: mars 08, 2010, 07:56 »
Citera
Är genen alltså vanligare i de områden där den finska invandringen varit stor?

Det gjordes en intrasvensk/intrafinsk studie för några år sedan (Hannelius 2008) där det visade sig att områden såsom Västmanland, Norrbotten, Småland m.m var närmare Finland än t.ex. Västergötland, Kronoberg. Hur statistiken för finsk "invandring" till Sverige sett ut i de olika geografiska områden vet jag inte, men den var ganska livlig i Stockholmsområdet, Västmanland och Dalarna i alla fall. Det ska väl nämnas också att studien inkluderade både etniska svenskar och barn till invandrarfamiljer som den svenska gruppen. Så om man kombinerar denna studie med ovannämnda McEvoy ska man ta det hela med försiktighet och inte se alltför bokstavligt och dogmatiskt. Som sagt är genetik inte någon helig graal som kan lös allting, vilket tyvärr många har uppfattningen att det är.

Citera
Finns det en motsvarande skandinavisk gen som kan spåras hos finnar?

Ja, en viss haplogruppsmarkör verkar utan tvekan ha kommit från Skandinavien till Finland de senaste 2000-3000 åren, faktum är att det under denna tid uppstått en specifik klad av denna markör som har sin hotspot i Finland men samtidigt har viss mindre frekvens i Sverige (och då främst i östra).

Arkeologiskt har jag för mig att finska arkeologer kunnat spåra skandinavisk närvaro i Finland sedan järnåldern, något om husbyggnader och annat som har en skandinavisk prägling. Tyvärr är finsk arkeologi väldigt okänt för mig.

Nu är det säkerligen en massa stavfel och konstiga formuleringar i dessa tidiga inlägg. :)

Utloggad Yngwe

  • Gode
  • Antal inlägg: 5 702
SV: Arkeogenetik och Europas förhistoria
« Svar #12 skrivet: mars 09, 2010, 00:41 »
Tack för ett välskrivet svar, intresan det här så jag hoppas du kan svara på lite följdfrågor.

Du säger att en mycket kraftig populationsökning ger genomslag för en genetisk drift bland finnar. Men då kan knappast populationstillväxten varit proportionerlig utan måste ha varit större i den grupp där den genetiska driften uppstod...? eller så har helt enkelt spridningstakten för genen varit hög så att den nått större delen av befolkningen i Finland.

Men om nu denna gen var väl spridd redan under medeltiden i Finland, borde inte den finska invandringen i kombinationen med de talrika svenska "hemflyttningarna" från Finland då innebära att genen borde ha spridit sig till större delen av den svenska befolkningen också? Skillnaden i spridningshastighet måste ju vara enorm om man jämför att den startar från en enda individ med en mutation eller med tusentals invandrade finnar.... så långt lite lösa tankar...

Min stora fråga är fortfarande hur man säkerställer undersökningsgruppens kvalitet.
Du skriver att man kan se en hotspot av en viss halofrekvens i Finland och även en mindre frekvens i framförallt östra Sverige. Men en undersökningsgupp från dagens östra Sverige kan ju inte på något vis sägas vara representativ för ett forntida östra Sverige såvida man inte kan bevisa att det rör sig om just östsvenska gener. Hur gör man det???
" Det finns mitt i skogen en oväntad glänta, som bara kan hittas av den som gått vilse"

Utloggad Boreas

  • Gode
  • Antal inlägg: 5 477
Väst-Europas tre ättelinjer
« Svar #13 skrivet: november 30, 2013, 10:11 »
Apropå forntidens ättelinjer och förfäderskult:

Ny studie tyder på att Väst-Europas befolkning härstammar från endast tre olika förfäder.

Citera

Modeling the contrasting Neolithic male lineage expansions in Europe and Africa

The best-fitting models in Africa and Europe are very different. In Africa, the expansion took about 12 thousand years, ending very recently; it started from approximately 40 men and numbers expanded approximately 50-fold. In Europe, the expansion was much more rapid, taking only a few generations and occurring as soon as the major R1b lineage entered Europe; it started from just one to three men, whose numbers expanded more than a thousandfold.


http://www.investigativegenetics.com/content/4/1/25/abstract

“It's easier to fool people than to convince them that they have been fooled.”

Utloggad Boreas

  • Gode
  • Antal inlägg: 5 477
SV: Arkeogenetik och Europas förhistoria
« Svar #14 skrivet: november 30, 2013, 10:40 »
Ny studie knyter ljust hår och skinn till kaukasiska människor, vars ursprung anses ha uppstått i Nord-Europa innan LGM - som senast 22-28.000 år f.n. Efter istiden lär dessa genotyper befolkat norra Eurasien - med avläggare till norra Kina, Indien och södra Asien.

Citera

The Light Skin Allele of SLC24A5 in South Asians and Europeans Shares Identity by Descent

Sequencing SLC24A5 in 95 individuals worldwide reveals that the rs1426654-A alleles in South Asian and West Eurasian populations are monophyletic and occur on the background of a common haplotype that is characterized by low genetic diversity. We date the coalescence of the light skin associated allele at 22–28 KYA.
 
Both our sequence and genome-wide genotype data confirm that this gene has been a target for positive selection among Europeans. However, the latter also shows additional evidence of selection in populations of the Middle East, Central Asia, Pakistan and North India but not in South India.

...

It appears that the most plausible scenario is that light skin evolved as an adaptation to local environmental conditions as humans started moving to northerly latitudes, with the initial phase of skin lightening occurring in proto Eurasian populations, while genetic variation in SLC24A5 formed the later phase which led to lighter skin in Europeans and South Asians, but not East Asians. This was followed by a European-specific selective sweep, which favored the rapid spread of this mutation in these populations.

Phylogenetic analyses of resequencing data confirm that the rs1426654-A allele in West Eurasian and South Asian populations occurs on the same haplotype background. Both sequence and genome-wide genotype data confirm evidence of positive selection in Europeans, while the latter supports further evidence of selection in populations of Middle East, Pakistan, Central Asia and North India but not in South India. We date the coalescence of the light skin allele (rs1426654-A) to 22–28 KYA (95% CI, 5–58 KYA).


http://www.plosgenetics.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pgen.1003912

Karta: http://www.plosgenetics.org/article/fetchObject.action?uri=info:doi/10.1371/journal.pgen.1003912.g002&representation=PNG_I
“It's easier to fool people than to convince them that they have been fooled.”